La Conferenza dei Sindaci opera mediante un ufficio comune degli Enti aderenti alla Conferenza stessa.
Gli enti comunali firmatari della convenzione delegano all’ufficio comune le funzioni pubbliche di propria pertinenza occorrenti per lo svolgimento dei compiti gestionali relativi alla funzioni conferite e/o delegate all’Area Programma.
I criteri ai quali deve ispirarsi l'assetto organizzativo sono l'autonomia, la qualità, la funzionalità, l'economicità di gestione, la semplificazione, la professionalità del servizio, nonché l’integrazione del personale e la realizzazione di modelli innovativi nella gestione del personale.
Dal punto di vista organizzativo, disciplinare e quant’altro affine, l’Ufficio Comune è incardinato presso l’Ente individuato quale Amministrazione Capofila, che svolge i poteri di vigilanza e controllo ad esso delegati dagli Enti aderenti.
L’ufficio è comune a tutte le amministrazioni convenzionate; è chiamato a dare attuazione agli indirizzi forniti dagli organi elettivi di ciascuna di esse; è chiamato a svolgere attività amministrativa per ognuna di esse; è’ un ufficio proprio di ogni Ente convenzionato che può utilizzarlo come farebbe se esso fosse nella propria struttura organizzativa.
Nel caso dell’ufficio comune l’attività svolta continua ad essere giuridicamente imputabile ai comuni convenzionati i quali non dismettono la titolarità della funzione o del servizio, che continua ad essere loro imputabile; con la convenzione solo il relativo esercizio avviene in forma associata.